Samosprávné akademické orgány Univerzity obrany

• Rektor
• Akademický senát
• Vědecká rada
• Rada pro vnitřní hodnocení
  
• Disciplinární komise
  

Prorektoři

• Prorektor pro rozvoj a internacionalizaci​
• Prorektor pro vzdělávání a záležitosti studentů​
  
• Prorektor pro vědeckou a expertní činnost
• Prorektor pro kvalitu

Zástupci rektora ​ 

• Zástupce rektora
• Kvestor​​
  

Vrchní praporčík 

• Vrchní praporčík UO

Vojenský kaplan 

• Vojenský kaplan​

Poradní orgány

• Kolegium rektora 
• Grémium rektora 
• Etická komise
• Hospodářská rada​
• Redakční rada Listů Univerzity obrany
• Redakční rada Obrana a strategie
• Redakční rada Military Medical Science Letters
• Redakční rada Economics and Management
• Redakční rada Advances in Military Technology

Oborové rady

• Oborová rada DSPr. Ekonomika a management
• Oborová rada DSPr. Ochrana vojsk a obyvatelstva
• Oborová rada DSPr. Vojenská logistika
• Oborová rada DSPr. Vojenské technologie
• Oborová rada DSPr. Epidemiologie
• Oborová rada DSPr. Lékařská mikrobiologie
• Oborová rada DSPr. Infekční biologie
• Oborová rada DSPr. Toxikologie
• Oborová rada DSPr. Vojenské hygieny
• Oborová rada DSPr. Vojenské chirurgie
• Oborová rada DSPr. Vojenské radiobiologie
• Oborová rada DSPr. Vojenské vnitřní lékařství

Rady studijních programů

• Rada stud. programu Ekonomika a management
• Rada stud. programu Vojenské technologie
• Rada studijního programu Technologie pro obranu a bezpečnost
  
• Rada stud. programu Vojenská farmacie
• Rada stud. programu Vojenské všeobecné lékařství
• Rada stud. programu Vojenské zubní lékařství
• Rada stud. programu Specializace ve zdravotnictví