Samosprávné akademické orgány Univerzity obrany

• Rektorka
  
• Akademický senát
• Vědecká rada
• Rada pro vnitřní hodnocení
• Disciplinární komise

Prorektoři

• Prorektor pro vnitřní řízení a kvalitu
• Prorektor pro vnější vztahy a internacionalizaci​
• Prorektor pro vzdělávání a záležitosti studentů​
  
• Prorektor pro vědeckou a expertní činnost

Zástupci rektora

• Zástupce rektora
• Kvestor​​

Další funkcionáři

• Kancléř
• Vrchní praporčík UO
• Vojenský kaplan​

Poradní orgány

• Kolegium rektorky-velitelky
  
• Grémium rektorky-velitelky 
• Etická komise
• Redakční rada Listů Univerzity obrany
• Redakční rada Obrana a strategie
• Redakční rada Military Medical Science Letters
• Redakční rada Economics and Management
• Redakční rada Advances in Military Technology

Oborové rady

• Oborová rada DSPr. Ekonomika a management
• Oborová rada DSPr. Ochrana vojsk a obyvatelstva
• Oborová rada DSPr. Vojenská logistika
• Oborová rada DSPr. Vojenské technologie
• Oborová rada DSPr. Epidemiologie
• Oborová rada DSPr. Lékařská mikrobiologie
• Oborová rada DSPr. Infekční biologie
• Oborová rada DSPr. Toxikologie
• Oborová rada DSPr. Vojenské hygieny
• Oborová rada DSPr. Vojenské chirurgie
• Oborová rada DSPr. Vojenské radiobiologie
• Oborová rada DSPr. Vojenské vnitřní lékařství

Rady studijních programů

• Rada stud. programu Ekonomika a management
• Rada stud. programu Vojenské technologie
• Rada studijního programu Technologie pro obranu a bezpečnost
• Rada stud. programu Vojenská farmacie
• Rada stud. programu Vojenské všeobecné lékařství
• Rada stud. programu Vojenské zubní lékařství
• Rada stud. programu Specializace ve zdravotnictví