Rektorát

• Rektorka a zástupci​
• Rektorát
• Kvestura
• Plánovací a organizační oddělení
• Oddělení rozvoje a podpory managementu
• Studijní oddělení
  
• Skupina projektového řízení
• Skupina zabezpečení vědeckovýzkumné činnosti
• Oddělení bezpečnosti informací
• Školní pluk​

Fakulta vojenského leadershipu (Brno)

• Katedra kvantitavních metod (K-101)
• Katedra řízení zdrojů (K-102)
• Katedra leadershipu (K-104)
• Katedra teorie vojenství (K-105)
• Katedra palebné podpory (K-107)
• Katedra ženijní podpory (K-108)
• Katedra logistiky (K-109)
• Katedra vševojskové taktiky (K-110)
• Katedra zpravodajského zabezpečení (K-111)

Fakulta vojenských technologií (Brno)

• Katedra zbraní a munice (K-201)
• Katedra bojových a speciálních vozidel (K-202)
• Katedra ženijních technologií (K-203)
• Katedra letectva (K-205)
• Katedra letecké techniky (K-206)
• Katedra komunikačních technologií, elektronického boje a radiolokace (K-207)
• Katedra protivzdušné obrany (K-208)
  
• Katedra informatiky a kybernetických operací (K-209)
• Katedra vojenské geografie a meteorologie (K-210)
  
• Katedra vojenské robotiky (K-211)
  
• Katedra matematiky a fyziky (K-215)
  
• Katedra strojírenství (K-216)
• Katedra elektrotechniky (K-217)

Fakulta vojenského zdravotnictví (Hradec Králové)

• Katedra epidemiologie (K-301)
• Katedra organizace vojenského zdravotnictví a managementu (K-302)
• Katedra radiobiologie (K-303)
• Katedra toxikologie a vojenské farmacie (K-304)
• Katedra vojenské chirurgie (K-305)
• Katedra vojenského vnitřního lékařství a vojenské hygieny (K-306)
• Katedra urgentní medicíny a vojenského všeobecného lékařství (K-307)
• Katedra molekulární patologie a biologie (K-308)

Ústav ochrany proti zbraním hromadného ničení (Vyškov)​

Centrum bezpečnostních a vojensko-strategických studií (Brno)

Centrum jazykového vzdělávání(Brno)

Centrum tělesné výchovy a sportu (Brno)