FVZ byla dominantním subjektem, na který je orientováno celoživotní vzdělávání vojenských lékařů, farmaceutů a dalšího nelékařského zdravotnického personálu uskutečňované formou základních, zdokonalovacích kurzů a odborných stáží. FVZ byla rovněž garantem zpracování a realizace „Plánu kurzů a odborných stáží vojenské zdravotnické služby AČR“.
