Samosprávní akademické orgány Univerzity obrany

• Rektor
• Akademický senát
• Vědecká rada
• Disciplinární komise

Prorektoři, zástupce, kvestor

• Prorektoři
• Zástupce rektora
• Kvestor

Poradní orgány

• Kolegium rektora 
• Rozšířená porada rektora​
• Grémium rektora 
  
• Hospodářská rada
• Pedagogická rada
• Vědecká rada​
  
• Ediční rada
• Redakční rada Listů Univerzity obrany
• Redakční rada Obrana a strategie
• Redakční rada Military Medical Science Letters
  (Vojenských zdravotnických listů)
• Redakční rada Ekonomiky a managementu
• Redakční rada Advances in Military Technology

Oborové rady

• Oborová rada DSPr. Ekonomika a management
• Oborová rada DSPr. Ochrana vojsk a obyvatelstva
• Oborová rada DSPr. Vojenské stavby 
• Oborová rada DSPr. Vojenská logistika
• Oborová rada DSPr. Vojenské technologie
• Oborová rada DSPr. Epidemiologie
• Oborová rada DSPr. Lékařská mikrobiologie
• Oborová rada DSPr. Infekční biologie
• Oborová rada DSPr. Toxikologie
• Oborová rada DSPr. Vojenské hygieny
• Oborová rada DSPr. Vojenské chirurgie
• Oborová rada DSPr. Vojenské radiobiologie
• Oborová rada DSPr. Vojenské vnitřní lékařství

Rady studijních programů

• Rada stud. programu Ekonomika a management
• Rada stud. programu Vojenské technologie
• Rada stud. programu Vojenská farmacie
• Rada stud. programu Vojenské všeobecné lékařství
• Rada stud. programu Vojenské zubní lékařství
• Rada stud. programu Specializace ve zdravotnictví
• Rada stud. programu Vojenské ošetřovatelství
• Rada stud. programu Vojenského zdravotnického managementu