V souladu s  ustanovením vysokoškolského zákona a požadavky velení chemického vojska AČR je hlavním posláním ústavu zabezpečit přípravu vysokoškolsky vzdělaného personálu chemické specializace v akreditovaných studijních programech Univerzity obrany.

Vedle vysokoškolské přípravy ústav dle požadavků velení chemického vojska realizuje zvyšování odborné kvalifikace personálu chemického vojska ve zdokonalovacích kurzech a zabezpečuje vzdělávání zahraničních specialistů v oblasti ochrany proti zbraním hromadného ničení.

1. Vysokoškolská příprava v akreditovaných formách výuky

Ve spolupráci s Fakultou ekonomiky a managementu ústav realizuje odbornou část výuky modulu „Velitel chemických jednotek“ ve studijním oboru „Vojenský management“, studijního programu „Ekonomika a management“ v bakalářském a magisterském navazujícím studiu. Výuka v tomto modulu bude ukončena v roce 2011.

Ve spolupráci s Fakultou vojenských technologií ústav realizuje od roku 2009 odbornou část výuky studijního oboru „Vojenská chemie“ (informace o studiu) ve studijním programu „Vojenské technologie“ v bakalářském a magisterském navazujícím studiu (prezentace). Ústav v plném rozsahu provádí výuku předmětů aplikovaného základu a předmětů oborových. 

Současně s přípravou chemické specializace zabezpečuje přípravu studentů všech studijních programů Univerzity obrany v oblasti chemického zabezpečení a OPZHN v rámci příslušných studijních předmětů. 

V rámci doktorského studijního programu „Ochrana vojsk a obyvatelstva“ realizovaného Fakultou ekonomiky a managementu Ústav OPZHN plně garantuje a zabezpečuje studium ve studijním oboru „ZHN, škodliviny a ochrana proti nim“. V rámci studia připravuje odborníky na OPZHN nejen pro potřeby AČR, ale také pro instituce státní správy a Generálního ředitelství Hasičského záchranného sboru (informace o studiu). 

Dále se podílí na výuce v doktorském studijním oboru „Vojenský management“ studijního programu „Ekonomika a management“.

2. Rezortní vzdělávání 

V souladu s koncepcí přípravy personálu chemického vojska realizuje ústav v rámci vybraných zdokonalovacích nebo specializačních kurzů přípravu specialistů chemických odborností, zejména obsluh polních chemických a radiometrických laboratoří a odběrových týmů.

Dle požadavků velení a součástí chemického vojska realizuje ad hoc přípravu chemických odborností před vysláním do misí.

Podílí se na zabezpečení kurzů pro zahraniční chemické specialisty v oblasti OPZHN.