Oddělení ochrany proti jaderným zbraním komplexně zajišťuje výuku obecných jaderných disciplín (Jaderná chemie a Radiochemie) a předmětů profilujících specializaci v oblasti ochrany proti jaderným zbraním a radiační ochrany (Teorie jaderných zbraní a Dozimetrie ionizujícího záření).

Mimo teoretickou výuku zabezpečuje pracoviště praktická zaměstnání a laboratorní cvičení se specializací na principy detekce záření, studium vlastností jednotlivých druhů záření, principy ochrany před účinky ionizujícího záření a principy práce s radioaktivními látkami. Tyto zaměstnání připravuje jak pro studenty Univerzity obrany, tak pro specialisty chemického vojska Armády České republiky a také specialisty zahraničních armád NATO.

Pracoviště řeší úkoly aplikovaného výzkumu v oblasti identifikace, radiochemické separace a analýzy vojensky významných radioaktivních látek. Dlouhodobě se podílí na vývoji technických prostředků dozimetrické kontroly a polní analýzy ve prospěch chemického vojska Armády České republiky a také na řešení projektů obranného výzkumu Ministerstva obrany České republiky.

Speciální laboratoře oddělení mají charakter pracoviště se zdroji ionizujícího záření a jsou určeny pro práci s uzavřenými i otevřenými radioaktivními látkami. Laboratoře jsou vybavena nejmodernější detekční technikou, přístrojovou technikou a vybavením pro práce rizikového charakteru.

Oddělení sleduje a vyhodnocuje trendy rozvoje v oblasti ochrany proti jaderným zbraním, v oblasti analýzy radioaktivních látek, metod jejich detekce a identifikace. Zabezpečuje expertní a posuzovatelskou činnost v problematice dozimetrie ionizujícího záření, radiační ochrany a analýzy vojensky významných radioaktivních látek v rámci chemického vojska Armády České republiky i speciálních expertních týmů NATO.

Pracoviště rovněž zabezpečuje chod a plnění úkolů posilové laboratoře Armádní radiační monitorovací sítě Armády České republiky (ARMS) v působnosti celostátní monitorovací sítě České republiky a také plní úkoly radiometrické laboratoře SIRA (Sampling and Identification of Radiological Agents) v rámci struktury laboratoří NATO.