Rektorát a vedení Univerzity obrany sídlí v moravské metropoli Brně spolu s Fakultou ekononiky a managementu a Fakultou vojenských technologií. Škola leží v blízkosti centra města poblíž významných vysokých škol, výzkumných ústavů a knihoven.
(Kounicova 65, Kounicova 44, Kasárna Šumavská)

Fakulta vojenského zdravotnictví je dislokována v Hradci Králové. Její budovy leží v blízkosti fakult Univerzity Karlovy a její Fakultní nemocnice.
(Budova Fakulty vojenského zdravotnictví)

Ústav ochrany proti zbraním hromadného ničení působí ve Vyškově, v areálu Ředitelství výcviku a doktrín.