Podmínkou přijetí ke studiu v doktorském studijním programu je řádné ukončení studia v magisterském studijním programu. Doktorský studijní program je zaměřen na vědecké bádání a samostatnou tvůrčí činnost v oblasti výzkumu nebo vývoje. Standardní doba studia je tři roky pro prezenční i kombinovanou formu studia na Fakultě ekonomiky a managementu a Fakultě vojenských technologií a 4 roky pro prezenční i kombinovanou formu studia na Fakultě vojenského zdravotnictví. Studium v doktorském studijním programu probíhá podle individuálního studijního plánu pod vedením školitele. Studium v doktorském studijním programu hodnotí oborová rada ustavená podle vnitřního předpisu školy pro příslušný akreditovaný studijní program. Studium se řádně ukončuje státní doktorskou zkouškou a obhajobou disertační práce, kterými se prokazuje schopnost a připravenost k samostatné činnosti v oblasti výzkumu nebo vývoje. Absolventům studia v doktorských studijních programech se podle § 47 odst. 5 zákona o vysokých školách uděluje akademický titul "doktor" (ve zkratce "Ph.D." uváděné za jménem) a podle § 55 odst. 2 téhož zákona se jim vydává vysokoškolský diplom a dodatek k diplomu.