Základní oborové vymezení fondů Vědecké knihovny (VK) je dáno strukturou pregraduálního a postgraduálního studia na FVZ, (tzn. všeobecné lékařství, stomatologie, farmacie, zdravotnický management) a zaměřením vědecko-výzkumné práce. Specifikem knihovních fondů jsou informační prameny z oblasti vojenské medicíny, akutní medicíny a medicíny katastrof. Knihovní fond VK se dělí na vědecký fond a studijní fond, jejichž využití se řídí kategorizací uživatelů podle Knihovního řádu. Velikost knihovního fondu přesahuje 100 000 knihovních jednotek.

Vědecký fond

• knihy - odborné a vědecké monografie, seriálové publikace, encyklopedie, slovníky jazykové i odborné apod.
• vědeckovýzkumné a vědeckokvalifikační práce (diplomové, disertační, habilitační)
• periodika, vědecké a odborné časopisy
• audiovizuální dokumenty - video, MGP, CD ROMy, diskety

Studijní fond

• skripta a učebnice
• Seznam časopisů
• Seznam povinné a doporučené literatury pro studenty

Katalogy

nbsp;  Od roku 1990 je veškerý knižní fond včetně skript , učebnic a audiovizuálních médií zpracováván do elektronického katalogu, který je součástí komplexního knihovnického systému Kp-sys. Vyhledávání dokumentů je možné podle mnoha hledisek formálních /autor, název, rok vydání, nakladatelství atd./ nebo věcných na základě klíčových slov či znaků MDT. Katalog obsahuje úplný fond studijní literatury, vědecký fond do roku 1990 je postupně zpětně doplňován.

Přehled katalogů budovaných před rokem 1990
(uvedeny jsou pouze katalogy vědeckého fondu, neboť studijní fond je kompletně zpracován v elektronickém katalogu)

• katalogy lístkové
• jmenný obsahuje knižní fond od založení knihovny do r. 1992
• systematický obsahuje knižní fond od založení knihovny do r. 1970, věcné zpracování fondu pak pokračuje v rejstříku KWIC.
• KWIC - permutovaný rejstřík klíčových slov v kontextu názvu - obsahuje knižní fond od r. 1970 do r. 1990.
• katalog časopisů - obsahuje všechny časopisy odebírané knihovnou od jejího vzniku do současnosti, je uspořádán abecedně podle názvů časopisů.
• kartotéka Učební texty - obsahuje záznamy všech svazků ediční řady Učební texty VLVDÚ, od r. 1989 Učební texty VLA JEP,  je uspořádána vzestupně chronologicky podle čísel svazků.

Služby

• Registrace uživatelů     
• Výpůjční: absenční, prezenční, MVS, MMVS (formuláře)
• Bibliografickoinformační          
• Rešeršní
• Služby katedrám a  pracovištím: nákup literatury, konzultace a metodická pomoc při využívání EIZ, zjišťování citovanosti a hodnocení vědecké práce 
• Training pro posluchače 1. ročníku