Spolupráce s institucemi a sdruženími v rámci České republiky je zaměřena zejména na oblast výzkumu a vývoje a inovací. Fakulta považuje spolupráci v této oblasti jako jeden z důležitých prostředků zvyšování úrovně a výslednosti výzkumu, vývoje a inovací na Fakultě vojenských technologií. Mezi nejplodnější patří spolupráce na úrovni řešitelů a řešitelských týmů projektů a spolupráce s průmyslovými podniky vytvářející předpoklady pro transfer technologií.
Přehled organizací a pracovišť spolupracujících s Fakultou vojenských technologií na základě podepsaných dohod: