Průběh vojenské služby studentů Univerzity obrany (UO) se řídí zákony a předpisy platnými pro průběh služby vojáků z povolání Armády České republiky. Po vyrozumění o přijetí ke studiu na UO a splnění podmínek pro službu vojáka z povolání je uchazečům o prezenční vojenské studium doručeno rozhodnutí o povolání do služebního poměru vojáka z povolání. Uchazeči jsou dnem povolání zařazeni u výcvikového zařízení Armády ČR k dvouměsíčnímu základnímu vojenskému výcviku, který absolvují před zahájením studia. Po absolvování základního vojenského výcviku jsou uchazeči přeloženi k Univerzitě obrany, zařazeni na systemizované místo studující VVŠ, čekatel a jmenováni do hodnosti svobodník. Současně se na základě příslušné dohody zavazují ke službě v Armádě ČR na dobu studia a po jeho ukončení na dobu dvojnásobku doby trvání studia. Po zápisu do studia a složení imatrikulačního slibu se stávají řádnými studenty Univerzity obrany.
Studenti jsou během přípravy zařazeni v hodnostním sboru čekatelů a jmenováni do hodností:
§ po dobu studia v bakalářském studijním programu a bezprostředně navazujícího výcviku svobodník, desátník, četař;
§ po dobu studia v magisterském studijním programu svobodník, desátník, četař, rotný, rotmistr.
Jmenování do vyšší hodnosti je podmíněno úspěšným ukončením studia daného ročníku. Řádná dovolená náleží všem studentům, vojákům z povolání, v délce 37 kalendářních dnů (včetně 10 dnů, které jsou jinak dny jeho nepřetržitého odpočinku v týdnu) v kalendářním roce. Studenti mají bezplatně zabezpečeno ubytování, vystrojení a základní učební pomůcky. Stravování si hradí ve zvýhodněné ceně stanovené pro zaměstnance vojenské správy. Součástí studia je aplikační (důstojnický) kurz ve výcvikovém zařízení AČR, kde studenti získají potřebné vojenské a velitelské dovednosti. Úspěšné absolvování kurzu je podmínkou ke splnění studijních povinností pro zápis do dalšího ročníku a jmenování do důstojnické hodnosti po řádném ukončení studia. Podle dosahovaných výsledků v předchozím studiu a po splnění stanovených podmínek je části absolventů bakalářského studijního programu umožněno pokračovat v navazujícím magisterském studijním programu. Absolventi bakalářských studijních programů, kteří v navazujícím magisterském studiu nepokračují, jsou po ukončení studia zařazeni na systemizovaná místa podle potřeb ozbrojených sil s perspektivou kariéry vojenského profesionála a dalšího vzdělávání a absolvují odborný aplikační kurz ve výcvikovém zařízení AČR. Při zařazení na důstojnické místo jsou jmenováni do základní důstojnické hodnosti. Absolventi magisterských studijních programů jsou po ukončení studia jmenováni do hodnosti poručík, absolventi delších než desetisemestrálních magisterských studijních programů do hodnosti nadporučík a zařazeni na systemizovaná místa podle potřeb ozbrojených sil. V případě, že voják nesplní závazek k setrvání ve služebním poměru, ke kterému se zavázal při zahájení studia, je povinen uhradit vojenské správě náklady vynaložené na studium podle délky studia a doby trvání služebního poměru po jeho ukončení.